本发明公开了一种锆石微量元素及锆石/岩浆微量元素分配系数测量方法，其步骤为：用激光或一次离子束扫描样品表面获得微量元素及基底元素图像；通过获得到的微量元素的图像信息确定分析位置，偏转激光束或一次离子束到所选择的分析位置，以非扫描模式进行对锆石的微量元素的含量的测量以及对岩浆玻璃的微量元素的含量的测量。